В годы Великой Отечественной войны Керчь стала ареной жестоких сражений между советскими и германскими войсками. Линия фронта четырежды проходила через Керчь. После тяжелых боёв в ноябре 1941 года немцы захватили город. Первый раз город был освобожден 30 декабря 1941 года. После отступления советских войск часть воинов вместе с партизанами уходит в Аджимушкайские каменоломни — обширный подземный лабиринт, откуда ведет сражение с немцами, преодолевая голод, нехватку боеприпасов и газовые атаки. После войны в Аджимушкае был открыт музей. За время войны численность населения города сократилась с 70 тыс. до 6,5 тыс. человек.

31 октября 1943 года советские войска начали переправу через пролив. 11 апреля 1944 года Керчь была окончательно освобождена. О тяжести и ожесточенности боев при обороне и освобождении Керчи свидетельствует тот факт, что за эти бои 146 человек были удостоены высокого звания Героя Советского Союза, а 21 воинская часть и соединение были удостоены почетного звания «Керченские».